La mosquée d’Emin Khoja se situe dans la campagne à deux kilomètres environ à l’est du centre de Turfan.
Son minaret conique de briques est caractéristique des pays d’Asie centrale tout proches.
Les Ouïgours représentent 70% de la population de l’actuelle Province autonome ouïgoure du Xinjiang. Mais ils n’en sont pas les premiers habitants. La région de Turfan était, comme tout le bassin du Tarim, initialement peuplée par les Tokhariens, un peuple parlant une langue indo-européenne, probablement établi là vers 1800 av. J.-C. Ce sont vraisemblablement ceux-ci que les Han désignaient du nom de Yuezhi.
Peuple turcophone, les Ouïgours constituent à l’origine une confédération de tribus nomades vivant en Mongolie. En 657, leur chef, le Khagan, s’allie aux Chinois pour renverser les Göktürks et aide l’empire Tang à contrôler les itinéraires commerciaux de ce qu’on nomme alors le Protectorat des Régions de l’ouest.
Mais lors de la bataille de Talas, en 751, une alliance de Tibétains, d’Arabes et de certains peuples turcs fait tomber la dynastie Tang et les Chinois perdent le contrôle des Régions de l’ouest. En 762, les Ouïgours rencontrent des missionnaires manichéens. Le Khagan se convertit et le manichéisme devient religion d’État.
En 840, les Ouïgours sont vaincus par les Kirghizes qui s’emparent de leur capitale. Ils quittent alors leur territoire de Mongolie pour s’établir plus à l’ouest, autour de l’actuelle Turfan.
Diverses ethnies turques introduisent l’islam dans la région aux Xe et XIe siècles et l’installent durablement. Cependant, le christianisme nestorien, connu jusqu’à Xi’an, reste présent chez les Ouïgours jusqu’au XIVe siècle.
La dynastie chinoise des Song tombe en 1279 sous l’assaut des successeurs de Gengis Khan. Ces derniers établissent la dynastie mongole des Yuan : l’empereur de Chine, désormais mongol, contrôle donc à nouveau l’actuel Xinjiang.
Mais à partir de 1364, après que la dynastie chinoise des Ming a renversé les Yuan, le territoire dominé par l’empereur de Chine ne s’étend plus que jusqu’à Jiayuguan.
Au XVIIe siècle, le nord du Xinjiang actuel, c’est-à-dire le bassin de la ville actuelle d’Urumqi, est peuplé de nomades mongols dzoungares. En 1679, la conquête du bassin du Tarim, situé au sud, permet au Khanat dzoungar de contrôler la quasi-totalité de la région.
C’est en 1750 que la dynastie mandchoue des Qing (1644-1912) reprend la région aux Mongols de Dzoungarie. Les Ouïgours rejoignent alors la Chine des Qing sous la direction du gouverneur local Emin Khoja qui règne depuis la ville de Turfan.
Le nom de Xinjiang qui signifie littéralement « la nouvelle frontière » fut donné à la région vers 1760, lors de sa conquête par les Mandchous de la dynastie Qing.
Les Ouïgours actuels ne descendent pas seulement des anciens Ouïgours : ils ont connu des apports ouzbeks, iraniens orientaux et tokhariens.
Élevée sur une terrasse au-dessus d’un grand jardin, la mosquée fut commanditée en 1777 par Emin Khoja et achevée un an plus tard par son fils Suleiman. Elle est dominée par un minaret conique haut de 44 mètres.
Celui-ci est construit en briques cuites posées horizontalement, verticalement ou en oblique de façon à réaliser un décor original. Le minaret est l’œuvre d’un architecte ouïgour mais il reproduit des modèles afghans.