L’hôpital de la Sainte-Charité est le siège de la confrérie du même nom, une fondation datant de la fin du XVe siècle. Installée tout d’abord près du cimetière de la ville puis à proximité des berges du Guadalquivir, elle avait pour principale fonction de recueillir les cadavres des personnes noyées dans le fleuve et d’enterrer les condamnés à mort ainsi que les indigents décédés dans les rues de la ville.
En 1640, la confrérie, à l’étroit dans un édifice menacé par les crues du Guadalquivir, décide de faire construire une nouvelle église, plus spacieuse.
Les plans sont confiés en 1645 à Pedro Sánchez Falconete, architecte en chef de la ville et de l’archevêché. Il conçoit une église à nef unique, couverte d’une voûte en berceau décorée de stucs.
La façade sera reprise ultérieurement par Leonardo de Figueroa (1650-1730), architecte de divers autres monuments de la ville : le palais de San Telmo, l’hôpital des Vénérables et l’église de la Magdalena.
L’église de la Sainte-Charité est considérée comme un des chefs-d’œuvre de l’architecture baroque sévillane. Elle abrite de nombreuses œuvres d’art.
L’expansion de la confrérie est liée au nom de Miguel de Mañara, héritier d’une riche famille : il se distingue par sa piété et l’énergie qu’il déploie au service des œuvres caritatives. Miguel de Mañara intègre la confrérie de la Sainte-Charité en 1662, suite à sa rencontre, sur les berges du Guadalquivir, avec un frère majeur qui devient son mentor. Chargé dans un premier temps des enterrements et des aumônes, Miguel de Mañara prend conscience des terribles conditions de vie des mendiants sévillans. Cette confrontation avec la réalité de la mort l’amène à réclamer l’élargissement des activités de la confrérie. Dès 1662, il propose au chapitre de fonder un hospice pour accueillir les pauvres durant la nuit puis, en 1672, un hôpital.
Une fois la décision prise de transformer l’hospice en hôpital, la confrérie sollicite de la Couronne la concession de quelques nefs des Atarazanas ou chantiers navals mitoyens de l’église. Ces arsenaux qui datent du XIIIe siècle occupent alors une grande partie du quartier de l’Arenal et sont constitués de nefs hypostyles séparées par des rangées d’arcs en ogive. Les architectes de l’hôpital bouchent ces arcs, et aménagent plusieurs salles destinées à accueillir les malades, en adaptant les locaux d’origine aux canons architecturaux de l’époque.
La confrérie de la Sainte-Charité œuvre encore en ces lieux en faveur des personnes en fin de vie les plus démunies.