Les Archives générales des Indes sont nées en 1785 de la volonté du roi Charles III d’Espagne de centraliser en un lieu unique les documents relatifs aux colonies espagnoles.
Un édifice préexistant, la Casa Lonja de Mercaderes, fut choisi pour abriter la nouvelle institution. Cette bourse du commerce avait été construite sous le règne de Philippe II entre 1584 et 1598 par Juan de Mijares sur les plans de Juan de Herrera, architecte par ailleurs du palais de l’Escurial et de la cathédrale de Valladolid.
Les Archives générales des Indes possèdent les fonds d’archives les plus importants sur l’histoire politique, économique, culturelle et sociale de l’ancien empire colonial espagnol. Elles conservent des autographes de Christophe Colomb, de Magellan, de Vasco Nunez de Balboa, de Francisco Pizarro et d’Hernan Cortés.